В начале 1940 г появился новый опытный Do.217-V9 с двигателями ВМW-801МА - 14-цилиндровыми радиальными воздушного охлаждения, мощностью 1580лс на взлете. Этот самолет послужил прототипом для Do.217e. Главным отличием новой машины была большая по всей длине высота фюзеляжа. Все центральные и задняя секции фюзеляжа почти до хвоста делились перегородкой на верхнюю и нижнюю части. В нижней части размещался бомбоотсек, а верхняя имела поперечные шпангоуты, воспринимающие вес боевой нагрузки, топливный бак и отсек для спасательной лодки. Бомбоотсек был длиной 4,5 м, шириной 1,75 м и мог вместить торпеду. Его люк был трехстворчатым. Двигатели оснащались трехлопастным деревянным винтом "Шварц" и монтировались к переднему лонжерону при помощи четырех шаровых шарниров. Вся механизация самолета осуществлялась с помощью электроприводов, включая выпуск шасси и открытие бомболюка.

Подготовка к серийному производству продолжалась в начале всего 1940 г. Первый предсерийный Do.217e-0 сошел со сборочной линии осенью, а серийный Do.217e-1 в конце года. Последний был в целом подобен V9, но, так как предназначался только на роль горизонтального бомбардировщика, был без воздушного тормоза. Бомбоотсек вмещал либо восемь 250кг бомб, либо четыре по 500кг, либо две по 1000 кг. Для штурмовки использовалась 15мм пушка МG-151 в нижней части кабины с 250 патронами, огонь из которой вел пилот. Оборонительное вооружение состояло из пяти пулеметов МG-15 на карданных подвесах.

С фотокамерами, установленными в бомбоотсеке, 10 Do.217e-0 и Е-1 были в конце 1940 г поставлены в 2.(F)/11. В январе 1941 г эта эскадрилья была переведена в Румынию для участия в тайных разведполетах над границами Советского Союза. Первой частью, использовавшей Do.217e-1 в бою была KG.40. 2-й полк этой эскадры был сформирован в марте 1941 г дпя противокорабельных действий в составе командования "Атлантик".

Хотя Do.217e-1 показал себя в первых боях вполне надежно, боевой опыт потребовал усилить вооружение, увеличить бомбовую нагрузку, установить бронезащиту и в целом поднять живучесть самолета. Эти изменения привели к варианту Do.217e-3. В носовой части была установлена пушка МGFF, предназначенная для подавления ПВО кораблей. За местом пилота в боковых окнах были установлены пулеметы МG-15. Таким образом Do.217e-3 имел внушительный состав оборонительного вооружения из семи 7,9мм пулеметов, но реально оборонительные возможности были серьезно ослаблены тем, что пять из них обслуживал один радист. Защита экипажа обеспечивалась 5- и 8,5мм бронеплитками за кабиной, на верхней части фюзеляжа сразу за кабиной и в зоне расположения нижнего стрелка. Пилот защищался бронеспинкой. Бронеплитки были и у боковых пулеметов. Благодаря применению различных "наборов полевой установки" самолет приобрел многоцелевые возможности.

Наиболее часто применялись следующие варианты:

* R-1 - специальный держатель под одну 1800кг бомбу с кольцевым стабилизатором (на E-2 и E-3);
* R-2 - два внешних держателя под консолями под пару 250кг бомб (Е-2 и E-3);
* R-4 - держатель РVС-1006 под одну торпеду L-5 (на Е-1, -2, -3, -4 и К-1);
* R-5 - одна 30мм пушка МК-101 в носу (Е-2 и -3);
* R-6 - установка фотокамер в бомбоотсек (Е-1, -2, -4, К-1 и М-1);
* R-7 - четырехместная спасательная шлюпка над бомбоотсеком за крылом (Е-1, -2, -4 и К-1);
* R-8 - дополнительный 750л бак в передней части бомбоотсека (Е-1);
* R-9 - дополнительный 750л бак в задней части бомбоотсека (Е-1);
* R-10 - два держателя ЕТС-2000/ХII дла ракет Нs-293 под крылом (Е-2, -4 и К-1);
* R-13 - топливный бак в передней части бомбоотсека (Е-2, -4 и К-1);
* R-14 - топливный бак в задней чвсти бомбоотсека (Е-2, -4 и К-1);
* R-15 - два держателя ЕТС-2000/XII для ракет Нs-293 между фюзеляжем и гондолами двигателей (Е-4 и К-1);
* R-17 - один топливный бак на 1150л в передней части бомботсека (Е-4 и К-2);
* R-19 - один МG-81Z (спарка пулеметов МG-81) в хвостовом конусе (Е-2,-4, К-1, -2, М-1 и М-11);
* R-21 - держатели под сбрасываемые подвесные баки (Е-З, -4 и К-1);
* R-25 - тормозной парашют (Е-4, К-1, -2, М-1, -11 и Р).

Несмотря на проблемы с воздушным тормозом, РЛМ все еще требовало обеспечить Do.217 возможность бомбометания с пикирования, и в октябре 1940 г перед появлением Е-3 был выпущен Do.217-V11 - прототип Е-2. Самолет предназначался на роль пикировщика, и хотя реально не был оснащен воздушным тормозом, на нем осталась "на всякий случай" жесткая проводка от кабины пилота до хвоста, которая использовалась для его привода. Позже она осталась и на Е-3. На Е-2 воздушный тормоз был модифицирован, но главным отличием самолета стала верхняя башня с пулеметом МG-131 и электроприводом, что значительно увеличило обороноспособность машины. Одновременно пулемет МG-15 в нижней установке был заменен на МG-131 с 1000 патронами. Остались два боковых МG-15, еще один на подвижной установке вперед и фиксированная пушка МG-151. Двигательная установка состояла из двух ВМW-801МL такой же мощностью, что 801МА, но с другим винтом - вместо деревянного "Шварца" был металлический большего диаметра - 3,9 м вместо 3,8.

РЛМ потребовало высшего приоритета для запуска Do.217e-2 в серию, и с весны 1941 г зта модель выпускалась иараллельно с Е-1. Небольшое число серийных Е-2 поступило в Stab.St.G.2 - штабную эскадрилью эскадры Ju.87, где проходили с начала лета 1941 г войсковые испытания. Результаты были неблагоприятными. Хотя механизм открытия тормоза работал теперь хорошо, задняя часть фюзеляжа все еще испытывала слишком большие нагрузки. При полном открытии воздушного тормоза могли быть повреждения в конструкции. Иногда ломалась и сама жесткая проводка управления тормозом - на этот случай воздушный тормоз можно было сбросить. Однако, из-за особой привязанности Технического департамента к бомбометанию с пикирования, последний игнорировал результаты испытаний.

Чтобы решить разом все проблемы, летом "Дорнье" оснастила 36-й серийный Do.217e-2 новым воздушным тормозом в виде решетки, поворачивающейся на 90град, установленной между фюзеляжем и гондолами двигателей. Проводилась серия испытаний под Фридрихсгафеном, во время одного из которых пилот при выводе самолета из пикирования на высоте 800 м убрал воздушный тормоз, а связанный с ним триммер руля высоты не вернулся в нейтральное положение - его заклинило. Самолет разбился. Тем временем "Дорнье" стала поставлять в боевые части Do.217e-2 в комплекте с обычной хвостовой частью, уложенной в бомбоотсек. При прибытии на место механики снимали воздушный тормоз и заменяли на обычную хвостовую часть. В конце концов на исходе лета 1941 г РЛМ признало неудачу с этой затеей и больше не требовало использования Do.217 в качестве пикировщика.

В течении 1941 г поставки Е-2 и Е-3 продолжались - их получили три полка KG.2, которая с осени базировалась у Ла-Манша для действий против Англии, а в II/КG.40 они использовались для атаки кораблей в Северном море. В противокорабельном варианте 15мм пушка МG-151 заменялась на 20мм MGFF. Кроме того, в обслуживающих подразделениях на самолетах вносились различные изменения для повышения боевой эффективности. К концу 1941 г в люфтваффе было поставлено около 300 Do.217e, включая предсерийные Е-0, первые Е-1 выпуска 1940 г, до 100 Do.217e-З, а оставшиеся - пополам Е-1 и Е-2.

В конце 1941 г сборочная линия переключилась на Do.217e-4, который поступил в боевые части в 1942 г. Он незначительно отличался от своего предшественника. Двигатели стали ВМW-801С; самолет был оснащен так называемым "Куто-назе" - резаками тросов аэростатов заграждения. Небольшое число последних выпущенных самолетов было приспособлено под носители ракет Нs-293А и получили обозначение Do.217e-5. Они имели под консолями держатели ЕТС-2000/ХII, передатчик системы наведения ракеты "Телефункен" FuG-203b "Киль-III", работавший на приемник ракеты "Страсбург" FuG-230b, и "кнюпель" - ручку управления, с помощью которой бомбардир выводил ракету на линию визирования. В крыльях было установлено оборудование для обогрева горячим воздухом ракеты, требовавшей постоянной температуры. Несколько Е-5 использовались в учебно-испытательной команде "36" в Гарце на побережье Балтийского моря. Эта часть имела задачу довести до боевого применения НS-293 и FХ-1400 и подготовить персонал для их использования. Другая часть - II/КG.100 25 августа 1943 г совершила первый боевой пуск Нs-293А по эсминцам союзников в Бискайском заливе.