После испытания на Hе.111-V6 (D-AXOH) - бывшем Hе.111b-0 - двигателя "Юнкерc" Jumo-210Gа взлетной мощностью 700лс и 730лс на высоте 1000м, пришли к заключению, что он не подходит для Hе.111. В результате самолет переоснастили на Jumo-211А-1 - гораздо более мощный двигатель, дававший на взлете 1000лс и 960лс на высоте 1500 м. Позже V6 был передан "Юнкерсу" для испытания винтов изменяемого шага. Первым настоящим самолетом серии Е стал V10 (D-ALEQ), переделанный из Hе.111d-0.

Первый Hе.111e-0 с двигателем Jumo-211A-1 появился в январе 1938г. От D-1 он отличался только двигателями и полуубираемыми радиаторами - их практически переделывали из уже заложенных машин. Максимальная нагрузка возросла до 1700кг, а взлетный вес до 10300кг. Серийные Hе.111e-1 стали выпускаться с февраля 1938г. Максимальная бомбовая нагрузка была увеличена до 2000кг, а взлетный вес до 10600 кг.

Тем временем Hе.111b из К/88 добились довольно значительных успехов в боях над Испанией, а потери были чрезвычайно низкими, несмотря на то, что полеты в основном совершались днем и без истребительного прикрытия. Было решено вооружить Hе.111 все четыре эскадрильи К/88. В марте 1938г. первые из 45 Hе.111e-1 достигли Испании, где полностью повторили успех предыдущий модели. За все это время оборонительное вооружение Hе.111 не изменилось. Сравнительно слабое противодействие, с которым столкнулись Hе.111 из К/88, навело немецкое командование на мысль, что слабовооруженные, без истребительного прикрытия бомбардировщики смогут и дальше выполнять свои задачи. Это заблуждение было рассеяно только боями над Британией двумя годами спустя.

С весны 1938г. эскадрильи Hе.111 в К/88 стали пополняться испанским персоналом, из которого формировались смешаные экипажи. В августе 1938г. на базе Hе.111 была сформирована "групо" 10-G-25 в Леоне. К моменту прекращения боевых действий "групо" в Лограно имела 58 Hе.111b-1, В-2 и Е-2 из 75 посланных в Испанию. Они были сведены в 14-ю и 15-ю группы в Лограно и Сарагосе. Hесколько Hе.111b и Е оставались на вооружении до конца 50-х годов.

Еще в начале производства Hе.111e, после внесения изменений в оборудование, стал выпускаться серийно вариант Е-З - самый массовый в серии Е. Его сменили Е-4 и Е-5, выпускавшиеся в небольшом числе. Если Hе.111e-3 и Е-1 несли бомбы на внутренней подвеске, то Hе.111e-4 получили подфюзеляжные держатели с электросбросом. Hе.111e-5 получил дополнительные фюзеляжные баки общей емкостью 830 л.