Если последней серийной моделью истребителя Мессершмитта стал Bf.109K, то до окончания войны успели изготовить еще целый ряд опытных машин. Одним из них был Bf.109L, который по сути являлся прототипом высотного истребителя на базе Me.209-II, работы по которому были официально прекращены Техническим департаментом, а первоначальный опытный самолет по этому проекту - Me.209-V6 был передан в программу Bf.109H и полетел уже как Bf.109H-V55. Hесмотря на снятие министерством авиации заказа, Мессершмитт таки решил подготовить другой опытный самолет, который в целях конспирации был назван Bf.109L.

В 1943 г, когда работы по Me.209-II в качестве потенциального наследника Bf.109 еще пользовались официальной поддержкой, Технический департамент запросил конструкторское бюро Мессершмитта о возможности создания его варианта с двигателем Jumo-213E-1 и винтом Юнкерс VS-19. Двигательная установка выполнялась в виде единого узла с лобовым радиатором и маслобаком. Пока шло проектирование под него Me.209-II, один Bf.109F-1 был оснащен такой двигательной установкой. Проект был закончен в ноябре 1943 г, а в следующем месяце в Аугсбурге начались работы над опытным самолетом, но вся программа Me.209-II была прекращена. Тем не менее работа над опытным самолетом продолжалась тайно (по крайней мере для министерства авиации). Именно этот самолет, законченный в апреле 1944 г, получил обозначение Bf.109L.

Пожалуй, наиболее интригующим вариантом Bf.109 был Цвиллинг или Сиамские близнецы, собранные из двух планеров Bf.109F. Впервые идею Цвиллинга выдвинул в 1940 г Эрнст Удет, когда рассматривался вопрос о подходящем буксировщике для огромных грузовых планеров Ме.321 и Ju.322. Успех марьяжа двух Hе.111 подтолкнул конструкторов Мессершмитта рассмотреть возможность создания на базе двух Bf.109 тяжелого охотника, запуск которого в серию совершенно не отразился бы на работе сборочных линий, что в обычном порядке было невозможно. Это предложение вызвало большой интерес Технического департамента, озабоченного необходимостью поднятия летных данных самолетов в этой категории, из-за требований министерства авиации сократить число базовых типов серийных машин.

Для проведения испытаний два планера Bf.109F были переделаны в Цвиллинг в конце 1942 г. Оба фюзеляжа с двигателями DB-601E-1 были использованы почти без каких-либо изменений, за исключением подфюзеляжной балки для установки ближе к центру фюзеляжа стоек шасси и монтирования держателя ETC-250. По одной правой и левой консоли сохранили, но конструкцию их лонжерона несколько переделали для оборудования новых ниш уборки шасси. Фюзеляжи соединялись с помощью центральной прямоугольной секции крыла (имевшей пару радиаторов, узел подвески 500 кг бомбы и закрылки) и стабилизатора.

Пока шла работа над опытным Цвиллингом, на Мессершмитте проработали серийный вариант на основе планеров Bf.109G с использованием двигателей DB-605A или Jumo-213E. Вооружение планировалось из двух 30 мм пушек МК-108 в развалах цилиндров и двух таких же пушек под консолями. В качестве скоростного бомбардировщика самолет мог нести 500 кг бомбу под центральной секцией крыла и по одной 250 кг бомбе под каждым фюзеляжем. Планировалось оставить только левую кабину, а правую закрыть обтекателем, а на ее месте установить бензобак.

Опытный Цвиллинг был готов в 1943 г. Взлетный вес достигал 5900 кг, размах крыла - 13,3 м. Расстояние между фюзеляжами было - 3,3 м. Самолет, якобы, был уже готов для летных испытаний, когда его уничтожили во время воздушного налета. В результате к моменту окончания работ в 1944 г летные испытания так и не были проведены. Для сравнения, работы над аналогичным вариантом Мустанга Р-51 на Hорд Американ начались в конце 1943 г, а первый Р-82 Твин Мустанг полетел в апреле 1945 г.