Хотя Ме 262 не представлял собой проблемы для освоения опытным пилотам, но, как и всякий другой самолет, он имел свои особенности, что вызывало сложности с обучением малоопытных пилотов, имевших ограниченный налет на поршневых самолетах. 262-я испытательная команда в Лечфельде как раз и отвечала за освоение новой техники. Программа обучения пилотов предусматривала 20-часовой курс налета на Bf 110 или Me 410 с фиксированным положением РУД, чтобы ознакомить с особенностью управления Ме 262 (использование РУД на большой высоте запрещалось). Подготовка на Ме 262 предусматривала девять уроков: 1) получасовой ознакомительный полет; 2) то же самое; 3) час пилотажа; 4) то же самое; 5) один час полета на большой высоте порядка 9000-10000 м; 6) одночасовой полет на высоте 4000-5000 м; 7) час отработки слетанности в паре; 8) то же самое; 9) огневая подготовка со стрельбой по наземным целям.

Эта был необходимый минимум, совершенно недостаточный для подготовки пилотов Ме 262. В результате эксплуатационные потери был высокими. Правда, только пятая часть из них падала на ошибки пилота, а две трети составляли отказы шасси и двигателей. Однако, было очевидно, что подготовка пойдет легче при использовании двухместного самолета, и на Messerschmitt был разработан такой вариант - Me 262B-1a.

Hовый самолет был поставлен в III(Erg.)/JG 2 (запасная группа - бывшая 262-я испытательная команда) в ноябре 1944 г. От обычного самолета Me 262B-1 отличался установкой второго места пилота на месте заднего основного бака, что потребовало смонтировать на самолете так называемые "Викингершифф" - пилоны для двух 300-л баков. Управление было двойным. Пушечное вооружение было сохранено. Всего было поставлено 15 таких самолетов, а последующие уже переделывались в двухместный ночной перехватчик, получивший обозначение Me 262B-1a/U1.

Возможность использования Me 262 в качестве ночного перехватчика была продемонстрирована в серии испытаний, проводимых в Рехлине в октябре 1944 г полковником Хайо Германном и обер-лейтенантом Бехренсом на Me 262A-1a с локатором "Лихтенштейн" SN-2 (FuG 220), с "оленьими рогами" антенн. После успеха испытаний было решено переделать Me 262B-1a во временный ночной истребитель, отличавшийся только установкой локатора "Нептун" FuG 218 и пеленгатора "Наксос" FuG 350 ZC. Еще до появления Me 262B-1a/U1 на базе Ме 262 была сформирована экспериментальная часть ночных истребителей под командованием майора Герхарда Штампа. Эта часть использовала тактику "Дикого кабан", применяя обычные Me 262A-1a. Первоначально она была известна как "команда Штампа". Все пилоты "команды" были опытными ночными бойцами, а один из них - обер-лейтенант Курт Вельтер, имевший большое число побед, позже стал ее командиром, а часть была переименована в "команду Вельтера". В течение февраля-марта 1945 г "команда" получила первые два двухместных Me 262B-1a/U1, которые были использованы для прикрытия Берлина. В апреле часть была переименована в 10./NJG 11. Она осталась единственным подразделением ночной истребительной авиации, вооруженным Me 262, получив менее дюжины Me 262B-1a/U1.

Если Me 262B-1a/U1 был лишь переделкой учебной машины, то Me 262B-2a рассматривался настоящим ночным истребителем, поступление на вооружение которого ожидалось с середины 1945 г. Конструкционно самолет отличался вставкой двух фюзеляжных секций до и после двухместной кабины, что увеличило общую длину на 1,2 м. Это позволило разместить в фюзеляже 900-л и 600-л задние баки, которые на В-1 заменялись на 300-л и 260-л. Одновременно емкость переднего вспомогательного бака была увеличена с 170 л до 500 л, но подвеска двух 300-л баков сохранилась. Планировалось даже использовать 900-л бак на жестком буксире за самолетом. Так же, как ранее испытывавшиеся на самолете бомбы, бак оснащался деревянным крылом, а для взлета использовалась сбрасываемая тележка. Буксируемый бак увеличивал общий запас топлива до 4400 л, позволяя Ме 262В-2а довольно долго вести патрулирование. Горючее из этого бака расходовалось в первую очередь, после чего бак сбрасывался.

Первый Me 262B-2a получил локатор, как у Me 262B-1a/U1. Первый полет состоялся в марте 1945 г, но "оленьи рога" снижали максимальную скорость на 60 км/ч. Эту проблему неоднократно пытались разрешить. В результате появилась антенна "Утренняя звезда", установленная в носу самолета. Это позволило получить прибавку в скорости 50 км/ч. Hо в конце концов решили остановиться на локаторе сантиметрового диапазона FuG 240 "Берлин", антенна которого размещалась под пластиковым обтекателем. Увеличение воздушного сопротивления с этим локатором было незначительным, если вообще было. К моменту полного краха "третьего рейха" Me 262B-2a с локатором "Берлин" был на финальной стадии сборки. Он должен был сохранить стандартное вооружение из четырех 30-мм пушек МК 108, кроме того планировалось поставить две такие пушки в установке "шраге музик".